Les collections permettent d'organiser des fichiers. Une collection peut être considérée comme une sorte de répertoire. Lorsque vous en créer, vous formez en fait une liste des divers composant que vous y mettez. Au moyen d'une collection, eDonkey est capable de rechercher son propriétaire et les composants qui y sont associés. Lorsque vous downloadez une collection d'un autre utilisateur eDonkey2000, vous ne downloadez en fait, au début, que cette liste. C'est ensuite que vous pouvez, dans le menu collections, voir le contenu de celle-ci et choisir si vous voulez télécharger partiellement ou entièrement cette dernière.
Les collections sont idéales pour les albums ou encore les films qui ont étés scindés en plusieurs parties. Si vous voulez mettre un album sur le réseau eDonkey2000, faites d'abord une collection incluant toutes les chansons de celle-ci, puis ajoutez si possible des images (format gif de préférence) de la couverture. Les utilisateurs de eDonkey2000 seront donc dans la mesure de reconstituer un album entier.